Chez chaque individu, un microsatellite possède deux allèles (variants) : l’un d’origine paternelle, l’autre d’origine maternelle. Lorsque les deux allèles sont identiques, l’individu est qualifié d’homozygote ; lorsqu’ils sont différents, il est hétérozygote.

L’ensemble des allèles d’un microsatellite constitue le polymorphisme génétique. Plus le nombre d’allèles sera élevé, plus le microsatellite sera efficace pour identifier un animal et le distinguer des autres. Le typage de l’ensemble des microsatellites étudiés définit le génotype de l’individu.

Les méthodes d’étude des microsatellites sont reproductibles, automatisables et très précises, donc fiables et efficaces. Les techniques de biologie moléculaire mises en oeuvre permettent d’effectuer les étapes indispensables à l'analyse.

1ère étape : extraction de l’ADN

Toute cellule possédant un noyau contient de l’ADN nucléaire. C’est notamment le cas des globules blancs, seules cellules sanguines des équidés possédant un noyau. On peut également extraire l’ADN de nombreuses autres cellules (bulbes pileux, sperme, cellules buccales…).

La prise de sang est la technique la plus utilisée pour obtenir de l'ADN car elle offre un bon compromis entre  :

• facilité du prélèvement,
• fiabilité de l'échantillon,
• automatisation des résultats.

Cet ADN peut être conservé plusieurs années et être réutilisé pour d’autres études.

2ème étape : amplification des microsatellites de l’ADN

La polymerase chain reaction (PCR) ou "réaction de polymérisation en chaîne" est une technique de biologie moléculaire assurant l'amplification in vitro d'un fragment d'ADN jusqu'à un milliard de fois.

Cette technique peut s’apparenter à une "photocopie" en un très grand nombre d’exemplaires d’un fragment d’ADN contenant les microsatellites à analyser.

La taille de l'amplifiat varie en fonction du nombre de répétitions de séquences de nucléotides. A chaque taille possible correspond un allèle du microsatellite.