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Le coefficient de consanguinité
Auteur : S. Danvy
Janvier 2011
Que l'on cherche à la valoriser ou au contraire à l'éviter, gérer la consanguinité reste un problème d'élevage qu'il convient de maîtriser. Le coefficient de consanguinité est un outil pour aider les éleveurs dans leurs choix d'accouplements.
Qu'est-ce que le coefficient de consanguinité?
La consanguinité est le résultat de l'accouplement de reproducteurs apparentés.
Son utilisation peut avoir les conséquences suivantes :
- Favorables, lorsqu'elle permet l'expression de gènes "intéressants" issus de un ou plusieurs ancêtres ;
- Défavorables, lorsqu'elle entraîne l'accumulation dans le génotype de gènes indésirables et leur expression.
Les premières conséquences visibles se font sentir au niveau des performances de reproduction. Mais elle entraîne également une diminution de la variabilité génétique, c'est à dire que les animaux ont de plus en plus tendance à se "ressembler" d'un point de vue génétique.
Le calcul du coefficient de consanguinité donne la probabilité qu'un individu reçoive, à un locus quelconque, des gènes identiques provenant d'un ancêtre commun à ses 2 parents.
- si les parents n'ont aucun ancêtre en commun, le cœfficient de consanguinité de l'individu sera nul.
- si l'étalon et la jument sont déjà apparentés, le cœfficient de consanguinité de l'individu sera plus ou moins important selon le degré d'apparentement de ses parents.
Comment gérer la consanguinité ?
Pour gérer efficacement la consanguinité en élevage, il est indispensable de connaître la généalogie des animaux sur plusieurs générations ; sans cela il est impossible de mettre en évidence les apparentements éventuels entre individus.
La base de données SIRE permet maintenant pour plus de 50 races de connaître ces généalogies MAIS certaines races sont gérées depuis peu de temps dans SIRE et ne disposeront peut être pas de ce recul nécessaire.
- Listes des Stud-books et registres gérés en France avec année de début de gestion dans la base SIRE
Comment utiliser un coefficient de consanguinité ?
- ©ACG/IFCE
Dès lors que le cheval possède au moins 5 générations de renseignées dans sa généalogie, on peut considérer le cœfficient calculé comme un bon indicateur de la consanguinité de l’individu.
Est-il déconseillé d'utiliser un reproducteur consanguin ?
La réponse est NON car le consanguinité n'est pas transmissible, il dépend uniquement de l'apparentement des 2 reproducteurs accouplés.
- Exemple 1 :
X l'étalon a un cœfficient de consanguinité =0 et Y la jument avec laquelle il a été accouplé possède également un coefficient de consanguinité =0.
X et Y sont frère et sœur, le cœfficient de consanguinité de leur produit sera élevé du fait de leur apparentement (0,25 ou 25%). - Exemple 2 :
E l'étalon a un cœfficient de consanguinité de 8% et J la jument avec laquelle il a été accouplé possède de son côté un cœfficient de consanguinité de 6%.
E et J n'ont aucun ancêtre en commun dans leur généalogie, le cœfficient de consanguinité de leur produit sera nul (0%) du fait de leur non apparentement.
Donc avant de conclure sur le choix des reproducteurs à accoupler, il est indispensable de regarder les coefficients de consanguinité des reproducteurs choisis, mais également leur pedigree 5 générations.
Un coefficient de consanguinité qui dépasse les 6% peut devenir gênant pour un individu ; cela ne veut pas dire que l'individu sera "mauvais" mais son utilisation commence à représenter des risques, surtout si de tels niveaux concernent l'ensemble des reproducteurs régulièrement utilisés. Ces risques sont au niveau d'une population : baisse de la fertilité des reproducteurs, risque d'apparition accrue d'anomalies génétiques, …
Pour mieux se repérer : Valeurs indicatives du coefficient de consanguinité (en %) d'un produit selon le lien de parenté entre ses deux parents
Les ancêtres communs et la consanguinité 5 générations
On parle d'ancêtres communs lorsque l'on retrouve le(s) même(s) ancêtre(s) dans la généalogie du côté du père ET du côté de la mère. Ce sont ces éventuels ancêtres communs qui contribuent à la consanguinité d'un individu.
Les ancêtres communs sont affichés en orange dans le pedigree 5G de l'individu lorsqu'ils peuvent clairement être visualisés.
- Pedigree 5 générations de Flipper d'Elle : les ancêtres communs apparaissent en orange.
Remarque importante : le pedigree 5G ne redonne pas la généalogie complète de l'individu (certains individus dans la base SIRE sont connus sur 10 générations voire davantage!). Il peut y avoir d'autres ancêtres communs non visibles sur le pedigree 5G mais qui apportent une contribution au calcul de la consanguinité.
Le coefficient de consanguinité de FLIPPER D'ELLE calculé à partir de l'ensemble des données généalogiques de la base SIRE donne 4,8%. Un calcul rapide réalisé sur les 5 générations présentées ci-dessus sous estime le coefficient à 3,1%.
Cette différence s'explique par des apparentements non visibles sur 5 générations. Cette différence montre également l'importance de connaître le plus possible de générations avant la réalisation de calcul de consanguinité, faute de quoi, on sous-estime fortement son évaluation.
Situation actuelle de la consanguinité dans 2 races étudiées.
Chez le Selle Français
Aujourd'hui, presque 100% des SF sont consanguins, mais le taux de consanguinité de la population, établi par A. Ricard & C. Dubois en 2002, reste à un niveau raisonnable de 1,4%.
De plus l'évolution de la consanguinité s'est accélérée en 1992, mais a ensuite ralenti en 1998, en partie du fait de l'introduction des Selle étranger.
Chez le Boulonnais
La situation est beaucoup plus préoccupante, puisque l'étude réalisée par E. Verrier montre un niveau de consanguinité moyen des produits nés en 2000 de 5,7%, c'est à dire proche de la consanguinité caractérisant les produits issus de l'union de deux cousins germains (6,25%).
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