Une histoire qui débute au XVIe siècle : en 1519, la cavalerie de Cortez découvrant le "nouveau monde" comportait deux chevaux à la robe tachée de blanc, associés à l'origine de la race.

Au début des années 1800, on retrouve dans les troupeaux sauvages parcourant les grandes plaines américaines des chevaux à la flamboyante robe tachetée lesquels deviennent très rapidement la monture préférée des Indiens d'Amérique, notamment des Comanches, réputés fins cavaliers.

Les éleveurs et les pionniers à la conquête des immenses espaces de l'Ouest sélectionnèrent aussi des chevaux dociles, rapides et robustes tant pour le travail du bétail que pour leurs aptitudes sportives (courses).

Le stud-book du Paint Horse s'est constitué au Texas en 1962 avec des spécimens présentant non seulement une robe marquée de blanc mais la typique conformation des chevaux de travail (stock-horse), commune aux Quarter Horses. Les Paint Horses sont depuis lors strictement génétiquement identifiés.

Pour être inscrit au registre de l'American Paint Horse, le sujet doit être issu de parents inscrits au registre APHA (American Paint Horse Association), ou d'au moins un parent inscrit et d'un parent inscrit soit au registre de l'AQHA (American Quarter Horse Association)soit au registre des chevaux de Pur-Sang (inscrits au Jockey-Club américain ou dans un registre de Pur-Sang reconnu par ce même Jockey Club).